Las gestiones para conseguir un reactor nuclear para México resultaron una gran empresa. Por razones de política exterior, la Secretaría de Relaciones Exteriores buscó reducir en lo posible los compromisos bilaterales en materia nuclear. En cambio, se celebraron dos convenios. El primer convenio con el Organismo Internacional de Energía Atómica (OIEA) para el suministro del reactor TRIGA Mark III. El segundo convenio con el OIEA y con Estados Unidos para la obtención del combustible. Ambos convenios fueron firmados el 18 de diciembre de 1963.

Cuando se inició la instalación del reactor, se dieron las explicaciones científicas apropiadas para presentar las características de un reactor como el TRIGA Mark III, indicando que posee sistemas de seguridad intrínsecos y en el caso de una subida inesperada de energía, se detiene automáticamente, evitando todos los riesgos.

La Comisión Nacional de Energía Nuclear (CNEN) inició la construcción de la obra civil en 1965. Todos los componentes del reactor se transportaron en ferrocarril desde San Diego California hasta La Cima en el Estado de México. El primer embarque, con un peso aproximado de 13 toneladas, llegó el 21 de septiembre de 1965 y fue transportado de La Cima al Centro Nuclear por camión el 28 del mismo mes. Traía el tanque de aluminio para el recubrimiento interior de la piscina, los tubos del mismo material para el recubrimiento interior de los tubos de haces y otros componentes. El último embarque, consistente en 44 cajas con componentes mecánicas, hidráulicas y electrónicas, se recibió en La Cima el 21 de marzo de 1968 y se trasladó al Centro Nuclear el 25 del mismo mes. Entre estos dos embarques, se recibieron cuatro más con termopares, pedacería de boro, estructuras metálicas para los tapones de la columna térmica y del cuarto de exposición. 

El arribo del combustible nuclear a la Ciudad de México fue un acontecimiento coordinado que reunió al Ejército Mexicano, a la Policía Federal de Caminos y a otros cuerpos de seguridad creados especialmente para custodiar la carga, mientras se verificaban minuciosamente los niveles de radiación.

Otras actividades importantes que se sucedieron durante 1967 fueron: la instalación del tanque de aluminio en la sala del reactor (26 de enero); la terminación de los trabajos de soldadura, incluyendo las pruebas radiográficas, y de penetración y de fuga. Todas estas pruebas se hicieron bajo el código ASME (American Society of Mechanical Engineers) y concluyeron el 31 de agosto. La terminación del blindaje de la sala del reactor y su entrega a la CNEN fue el 28 de agosto y el primer colado del blindaje, el 31 del mismo mes.

El 1° de agosto de 1967, bajo la supervisión de J. Humphreys de C.G.A., el grupo del reactor inició el montaje de los sistemas del TRIGA Mark III: sistema mecánico (puente, núcleo, columnas térmicas horizontal y vertical); sistema hidráulico (rotámetros, filtros, desmineralizador, intercambiador de calor); sistema neumático (sistema neumático de irradiación y sistema transitorio para pulsar), la instalación eléctrica necesaria para los sistemas anteriores y el alumbrado del blindaje y del puente.

El 1° de octubre, el mismo grupo, ahora con la supervisión de Michael de Groot, inició el montaje del sistema electrónico (consola, servomecanismos de barras de control, detector de temblores y otros) y concluyeron el 31 del mismo mes.

El 4 de noviembre iniciaron las pruebas preoperacionales y de acercamiento a criticidad.

Primera criticidad.

El reactor TRIGA Mark III, de un megawatt de potencia térmica, alcanzó su primera criticidad (reacción autosostenida) el 8 de noviembre de 1968. Ese día las labores comenzaron a las 11:10 horas con el siguiente equipo de trabajo: operador: Arnulfo Morales Amado -el único con licencia para manejar un reactor en México-; ayudante del operador: Fernando López Carrasco; carga de elementos combustibles: Enrique Ortega Espinosa; ayudante: Felipe Razo; supervisores de la Gulf General Atomics: Charles Coffer y Michael de Groot. En esta primera criticidad del reactor del Centro Nuclear, estuvieron también presentes Carlos Graef Fernández, Alberto Barajas, Antonio Ponce, Romeo España, Ignacio Maldonado, Ricardo Corona y Víctor Ley Koo.

Se procedió a cargar el núcleo del reactor (aplicando el método inverso de la multiplicación y calibrando simultáneamente las barras) y se determinó que el reactor estaría crítico con 60 elementos combustibles, 2 combustibles seguidores de barra y un tercer seguidor parcialmente insertado. La masa crítica determinada fue de 2,385 gramos de uranio 235.

La noche del 8 de noviembre, el doctor Graef propuso continuar la carga de combustible hasta completar la cantidad calculada para alcanzar la criticidad, misma que se logró a las 20:38 horas. En ese momento se observó por primera vez, en el Centro Nuclear, el aura azul celeste del efecto Cerenkov.

Entre el 8 de noviembre y el 5 de diciembre de 1968, el grupo del reactor llevó a cabo las pruebas de calibración (de barras de control, de potencia y de pulsos) y de aceptación (linealidad de instrumentos e inspección del blindaje) del TRIGA Mark III del Centro Nuclear de México.